単式1面1線の無人駅。駅舎は無く、ホーム上に待合所があるのみ。待合所奥にはトイレもあります。出入口階段は急で狭い。切石駅は、飯田線の中で最も急なカーブを描くホームになっていて、列車とホームのすき間がかなり開きます。