駅構内は島式1面2線構造で高架ホームになっています。その山手線の高架ホーム下に都電荒川線の大塚駅前停留場が交差しています。
2009年10月17日、南北自由通路が供用開始されました。現在南口に駅ビルを建設中。
2013年4月20日よりホームドアが使用開始。 大塚駅は2013年4月1日に110週年を迎えました。