ホームは島式2面4線。改札口は南側に一箇所のみで、北側へ抜けるには一旦外に出て地下通路を通る必要があります。JR山科駅の改札を出ると、右奥に京阪山科駅、正面に地下鉄乗り場へ続く階段、左側に駅前ロータリーがある、という構造です。ロータリーの前を横切る京阪電気鉄道京津線の踏切を越えると、更に大きなロータリーがあります。