JRのホームは相対式2面2線で、隣に近江鉄道のホーム島式1面2線があります。橋上駅舎の通路は共用ですが、改札口はそれぞれ独立しており、JRが橋上、近江鉄道はホーム上に改札があります。西口駅前は商業施設が並び、遠方に彦根城が見えます。対して東口駅前は建物が少なめで広々としています。