伊賀上野駅は、伊賀鉄道伊賀線との共同駅です(訪問時は近鉄伊賀線でした)。ホームは伊賀鉄道が1番線の切欠ホームで、JRは単式1面1線と島式1面2線です。
伊賀鉄道伊賀線乗り場1番線切欠きホームの様子です。