島式1面2線のホームを構内踏切でむすんでいます。古い駅舎が残る無人駅。
芝川駅の所在地の芝川町は、2010年3月23日に富士宮市と合併して「富士宮市」になりました。 新駅舎は2012年(平成24年)3月竣工。