ホームは単式1面1線、島式1面2線の、合計2面3線。橋上駅舎を有します。御殿場線を代表する駅で、たいへん多くの利用客で賑わっていました。
御殿場駅の橋上駅舎には二箇所の出入口があり、メインの出入口は西側の「富士山口」で、東側には「乙女口」があります。