JR大曽根駅のホームは島式1面2線。出入口は南北にあり、南側はマンションの1階部分にあり、北口は名鉄、ゆとりーとライン、名古屋市営地下鉄との接続が出来ます。JRホームから北口改札まではやや距離があって、長い通路があるのが特徴です。
発車標と液晶モニターが設置されました。