2面3線のホームをもつ有人駅。駅舎の建物右側が待合室と改札口になっており、左側が余市町観光物産センターと、観光案内所、また2階に「スキー王国余市展示ホール」があります。利用客の大変多い駅です。
かなりの横幅がある旧駅舎。駅前が整備されていない分、現在よりも広々として見えます。