長都駅は無人駅で、上下線両ホームに跨線橋とつながった待合室と改札口があります。跨線橋は自由通路も兼ねていて、独立した出入口もあります。下りホーム側にだけ大きめの駅舎が建っています。
Kitacaのタッチパネルが付きました。また券売機も変更されています。