島式1面2線の橋上駅。東口に広いロータリーがあり、西口は狭い路地が続く住宅地といった感じ。東西それぞれの出入口脇に『原当麻駅舎改築によせて』という説明看板が設置されていて、かつての駅風景を知ることができます。