新幹線単独駅で、ホームは相対式2面2線です。周辺には温泉地が多数ありますが、駅を出てすぐという温泉は無いようで、バスに乗って20分以上とどこもわりと離れています。最寄り駅となる上越線「後閑駅」までは2.8kmほどの距離にあります。
東口駅前にあった蒸気機関車は、水上駅近くの公園に移動したそうです。