新幹線単独駅です。ホームは高架上の相対式2面2線構造で、改札口は高架下に一箇所のみ。南北それぞれに広いロータリーがあります。北口駅前には農地、南口駅前には山がせり出していて、駅近辺には民家がありません。近代的な駅舎が忽然と建っているという不思議な駅風景です。
平成16年3月13日(土曜日)に本庄早稲田駅が開業しました。