亀有駅は常磐線快速は停車しないため、ホームは各駅停車用の島式1面2線、線路は複々線となっています。北口駅前には「こちら葛飾区亀有公園前派出所」のモデルになったという交番があるそうです。
改札口上部の案内板が無くなり、駅舎の庇の色が変わっています。