ホームは相対式2面2線で、跨線橋で結ばれています。北側には新潟貨物ターミナル駅があり、多くの側線が並んでいます。出入口は南側に立つ駅舎の一箇所のみ。駅舎内待合室が改札を通らないと入れないという珍しい構造です。